Hay vida después de la secuenciación del Genoma Humano

Por Eva Amsen, publicado en The Scientist el 1 de Febrero de 2016

¿Quince años después de la publicación del primer borrador del proyecto genoma humano, qué ha sido de los cientos de investigadores que trabajaron en el proyecto?

Pasado y presente de la secuenciación. Secuenciadores que se utilizaron para el proyecto de genoma humano en el centro de Sanger (izquierda) y los secuenciadores que la instalación utiliza hoy (derecha). GENOME RESEARCH LIMITED

Los estudiantes en clases de ciencia de 7º a 11º grado del John Burton nunca han vivido en un mundo en el que no se conocía el genoma humano. Que su profesor era una de las personas involucradas en desentrañar este misterio significa poco para ellos. «Se lo he contado, para tratar de generar entusiasmo, pero no han entrado en detalle,» dice Burton, que enseña principalmente física,

Hace quince años, como miembro del International Human Genome Sequencing Consortium, Burton lideró uno de los equipos de mayor producción del Sanger Centre. «El proyecto genoma humano (PGH) fue una fantástica pieza de trabajo y siempre sentimos que estábamos ayudando a dejar un legado que merecía la pena». En conjunto, los investigadores de más de 40 instituciones participaron en este esfuerzo internacional, dirigido por Eric Lander del Massachusetts Institute of Technology – MIT

El consorcio financiado con fondos públicos competía con la iniciativa comercial de Craig Venter y su empresa Celera, sin embargo, en febrero de 2001, ambos grupos publicaron los primeros borradores de la secuencia del genoma humano. El trabajo del consorcio apareció en Nature mientras que Celera publicó su artículo en Science al día siguiente. ¿Quince años y miles de citas más adelante, cómo afectaron estos documentos de referencia a algunas de las más de 500 personas implicadas en las listas de autor?

Para muchos, el PGH marcó el comienzo de una carrera en la genómica. Aoife McLysaght era un estudiante de doctorado en el Trinity College de Dublín estaba buscando en aquel momento,  duplicaciones en genomas de animales en la base del árbol evolutivo de los vertebrados. Ahora es profesor de genética en el Trinity College, estudia las limitaciones evolutivas de la dosificación de genes.

La genómica humana ha recorrido un largo camino en 15 años, como las personas que comenzaron la tarea de dilucidar esa secuencia.

El proyecto involucró también a Andy Mungall y Bill Majoros, que fueron impulsados a iniciar programas de doctorado después de trabajar en la secuenciación. Mungall se involucró en un programa de doctorado para el estudio de la impronta genómica después de coliderar la secuenciación del cromosoma 6 en el Sanger Centre. «Estaba dispuesto a aplicar mis conocimientos de la genómica a la salud,» dice Mungall, quien ahora trabaja en la agencia del cáncer de Columbia Británica en Vancouver. Majoros escribió un libro sobre métodos de predicción de genes después de desarrollar un software para el descubrimiento de genes para la Celera Genomics. Ahora es un estudiante de doctorado en el Duke University Medical Center, donde estudia cómo variantes de secuencias del genoma afectan al “gene splicing” (=procesamiento de la información de los genes). «El genoma de referencia fue sólo el comienzo», dice. «Extrapolar lo que hemos aprendido sobre el genoma de referencia a genomas personales es una emocionante nueva frontera con enormes implicaciones para la salud».

Varias empresas basadas en la genómica personal han aparecido en los últimos años, como Invitae, que realiza pruebas genéticas para trastornos hereditarios. Hace años, el cofundador de Invitae Michele Cargill contribuyó a la sección de genética de poblaciones en el artículo de Science de Celera «Aprendí a trabajar con personas de diferentes disciplinas y aprendí a no evitar esfuerzos que parecen imposibles».

El proyecto también ayudó a Kimmen Sjölander, que desarrolló algoritmos para asignar genes a subfamilias funcionales para la compañía Celera. «El papel de la ciencia ha incrementado mi visibilidad, permitiéndome volver a la academia». Sjölander está ahora en la Universidad de California, Berkeley, donde estudia el desarrollo evolutivo de estructuras y funciones nuevas a través de superfamilias de proteínas. Ella señala que estamos realmente todavía lejos de conocer la función de todos los genes del genoma humano. «Tenemos un grave problema con la exactitud del contenido y la información de los genes. Puesto que las anotaciones funcionales son fundamentales para la investigación biomédica, este problema tiene que abordarse».

Es un problema que se extiende a los genomas de otros organismos. Hace unos pocos años, la empresa de Kevin McKernan, Medicinal Genomics, secuenció el genoma del cannabis, para entender mejor el potencial farmacéutico de esta planta. McKernan ha participado en genómica durante muchos años. Fue líder del equipo para I+D en el Whitehead Institute durante el PGH y luego ha emprendido diversas empresas enfocadas en el desarrollo de tecnologías de secuenciación. Uno de estos sistemas fue adquirido por Life Technologies, donde McKernan trabajó durante varios años. Cuando salió, se le pidió firmar un acuerdo de no competencia que le llevó a empezar a trabajar en el genoma de cannabis en otro lugar. McKernan es ahora CSO (=Chief Science Officer) en Courtagen Life Sciences – una empresa de genética médica fundada por sus hermanos — que se anexionó Medical Genomics en 2011.

Circunstancias externas también dirigieron la carrera de Trevor Woodage que estuvo en Celera, involucrado en la anotación del genoma y análisis de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), luego se mudó a Minnesota lo que le dejó con pocas opciones en trabajos científicos, para pasar a  especializarse en derecho de patentes. Ahora, Woodage es un abogado asociado en Fish & Richardson, en Twin Cities. «He tenido la oportunidad de trabajar en un número de casos de litigios sobre patentes, principalmente en las Ciencias de la vida,» dijo. «He trabajado en algunos casos que tenían relación con algunos de los trabajos que hice en Celera, pero más a menudo, los casos han tenido que ver con el desarrollo de medicamentos».

Neha Desai también ha hecho una gran carrera. «Yo estaba especialmente interesada en garantizar que los niños no tengan miedo a las matemáticas.» Ella trabajó en la preparación de la plantilla y marketing de Celera, pero ahora desarrolla una franquicia, Mathnasium, en Arlington, Virginia, que ofrece tutorías para las matemáticas a los niños. «Uno de mis mayores objetivos es ver más niños en los STEM fields (=campos de estudio), especialmente niñas».

La genómica humana ha recorrido un largo camino en 15 años como las personas que comenzaron la tarea de dilucidar esa secuencia. Algunos están trabajando en la anotación del genoma o el desarrollo de nuevas técnicas, otros son educares o desarrollan su experiencia científica en otros lugares, pero todos ellos han sido moldeados por su contribución a la historia de la ciencia. «Ser parte de un proyecto tan obviamente importante en una etapa temprana de mi carrera fue muy emocionante,» dice McLysaght del Trinity College, y ese tipo de emoción todavía me motiva.»